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Gli organi dell'Ente Parco sono:
Con il decreto del Ministro dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare n. 129 del 25 giugno 2020 veniva nominato il Presidente dell'Ente Parco Nazionale Appennino Lucano Val d'Agri Lagonegrese nella persona del dott. Giuseppe Priore;
Con decreto del Ministro della Transizione Ecologica n. 0000091 del 22 febbraio 2022 veniva nominato il Consiglio Direttivo dell'Ente Parco Nazionale dell'Appennino Lucano Val d'Agri Lagonegrese;
Con deliberazione del Consiglio Direttivo n. 002 del 04 marzo 2022 veniva eletta la Giunta Esecutiva di questo Ente Parco, ai sensi dell'art. 9, comma 6, Legge n. 394/91 e s.m.i..
Con il decreto del Ministero dell'Economia e Finanze - RGS - Prot. 85214 del 09/06/2020 - è stato nominato il Collegio straordinario dei Revisori dei Conti di questo Ente.